В давние времена в районе Ванавары находилось эвенкийское стойбище. В конце девятнадцатого века была организована фактория, в которой постоянно проживало несколько русских семей и некоторое количество оседлых эвенков. Ангарские купцы появились в этой местности предположительно летом 1899 года, с этого времени начинается официальный отсчет возраста села Ванавара..
История
В Ванаваре в разное время располагались базы геофизической и нефтеразведочной экспедиций, лесоучасток, коопзверопромхоз. В 1932 году появилась больница, установили метеостанцию, которую обслуживали пять человек. В 1933 году на станции начали вести гидрологические наблюдения Подкаменной Тунгуски. К 1935 году в Ванаваре было построено несколько домов, клуб, магазин, почтовое отделение, появились радиотрансляционные узлы. В 1938 году в поселке была открыта школа-интернат, где обучались в основном дети эвенков. В 1948 году основали среднюю школу.
До конца 1980-х годов Ванавара была крупным авиаузлом: самолеты и вертолеты вылетали отсюда в поселки и стойбища оленеводов, из Ванавары отправлялись экспедиции на поиски нефти и газа.
Сегодня жители Ванавары заняты в основном на предприятиях бюджетной сферы. В селе действуют районная больница, школа, два детских сада, метеостанция, почта, библиотека и клуб. Самое крупное предприятие села ООО «Ванавараэнергоком» обеспечивает жителей теплом и светом. Многие ванаварцы занимаются традиционными промыслами — охотой и рыбалкой.
В современной Ванаваре сосредоточена вся социальная жизнь Эвенкийского района. Говорят, что Тура – это мозг Эвенкии, Байкит – физическая сила, а Ванавара – сердце, большое и любящее. В Ванаваре находится Дом престарелых и инвалидов, детский дом.
Село Ванавара получило всемирную известность благодаря тому, что в 1908 году примерно в 65 километрах от него в тайге произошло падение Тунгусского метеорита.
В честь села Ванавара назван астероид главного пояса, открытый в 1991 году.